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对于匿名评审对论文研究方法的疑问，吕德文在文中解析表示，“论文在研究方法中交代，这是一篇质性研究，是田野研究，其工作量完全足够支撑起论文。论文采用的是个案研究方法，在代表性问题上一直有不同的解决方案，论文在研究方法中亦有合理交代，‘抽样’并不是定性研究解决代表性问题的常规方法。但评审意见仍以‘抽样依据’问题来质疑论文的科学性，说明评审者对个案研究方法的理解实在是浅薄，评审能力有欠缺。”
马毅是这位博士生在美访学期间的导师（外导）。他认为这名学生“科研非常优秀”“是我们最近CTRL论文的第一作者”，其论文外审问题“完全是误会和格式等小问题”；而电子科大却“以外审有意见等原因错过校内学位评审时间，通知无法再拿到博士学位”。在与学校交涉中，他指责学校、研究生院、学院在该事件中“相互推卸责任”。
该报道对“盲审”制度也进行了讨论。文中提到，针对这次事件，加拿大皇家科学院和加拿大工程院院士、美国杜克大学教授裴健表示，外审专家如果选得不好，有时候确实会遇到对小专业科研前沿不太了解的情况。但对此也有网友持不同意见：“都选小领域的话，盲审倒变成了‘透明审’”。言下之意，如果划分太细，论文评审有可能变成“小圈子开会”。
20世纪90年代中期起，随着博士生培养规模扩大及非学术因素对博士学位论文评审的不良影响日渐增大，部分高校尤其是在国内具有引领性的研究型大学如清华大学、北京大学，出于确保本校博士学位论文质量的考虑，主动开始探索博士学位论文匿名评审制度的建立及其实施。据有关文献，清华于1995年率先对申报校级优秀的博士学位论文进行同行专家隐名评审，之后演变为每年随机抽检10%左右的博士学位论文，2001年进一步将该比例扩大到申请毕业博士生论文总数的40%。2000年开始，北京大学中文系开展博士论文匿名评审工作。2002年北大公布和实施《北京大学博士学位论文匿名评阅和导师在答辩中回避评议制度的实施原则》，在我国高校率先要求在全校范围内实施博士学位论文匿名评审制度。因此，高教界视其为开创博士学位论文匿名评审先河的制度设计。
2014年1月，国务院学位委员会、教育部印发了《关于加强学位与研究生教育质量保证和监督体系建设的意见》及《学位授予单位研究生教育质量保证体系建设基本规范》，不仅提出要“开展博士、硕士学位论文抽检工作”以“强化学位授予单位、导师和研究生的质量意识，加强学位授予管理，保证学位授予质量”，而且对“健全学位论文评阅制度”做了特别强调：“论文评阅要保证有一定数量的外单位同行专家参与，加强匿名评阅等适合本单位实际的论文评阅制度建设。”
吕德文在署名文章中提到，武汉大学2023年12月29日印发了《关于进一步加强硕士学位论文质量管理若干措施的通知》，提高了双盲评审要求。其中规定，培养单位所有博士学位论文须在教育部学位中心平台送5位专家进行“双盲”评审。评审结果有1个“不合格”、4个“优秀”，经申请、审批同意后可进行复评；其他评审结果有1个“不合格”的，均不得进行复评，且须延期至少半年修改后重新送审；博士生最长学习年限内最多可申请2次“双盲”评审，结业后两年内仅有1次申请双盲评审的机会。
澎湃新闻注意到，5月14日，华中科技大学法学院教授柯岚在微博上评论“武大教授称博士弟子论文遭‘恶意评审’”一事时就表示，“我给我的学生论文选题定下的原则是不求有功但求无过：不要写太有争议的问题，不要质疑大人物们的观点，也不要太紧跟政治热点（并不是所有人心里都同意，他们可能找别的理由否决你）。上个学不容易，平安通过顺利毕业是第一要务。想做研究毕业以后再做。”
上海市教育科学研究院高等教育研究所所长、研究员董秀华此前也曾撰文指出HG1088APP，匿名评审机制在提升学位论文评审质量、优化研究生人才培养的质量保障机制、提升论文质量和培养质量等方面都作出了重要贡献。从防劣方面讲，博士论文匿名评审有力地防止了低水平、不合格论文的通过，守住了研究生人才培养的基本底线，确保了研究生培养的基本质量。但另一方面，近几年，博士生延期毕业的情况越来越普遍，客观地说，博士生延期毕业并不都是学位论文匿名评审的“锅”，但不可否认，这是原因之一。
因此，董秀华提出了一些系统性完善“双盲”制度的建议：首先，一个重要的前提和基础是确定合适的评阅人，比如以“小同行”“大联动”相结合的机制HG1088APP，做好评审专家库的建设，并且对专家库的成员实施动态调整优化。其次，健全规则，确保异议申诉仲裁制度有效执行。再次，应强化研究生培养制度优化和质量文化建设，进一步强化导师和学生本人的责任。最后，要有意识地用好研究生培养质量保障的政策组合拳。学位论文质量评价不应只有双盲评审的机制，还应完善学位授予前的学术不端行为检测（查重）、论文预答辩、专家实名评审、论文答辩等环节设置。
《关于完善我国博士学位论文匿名评审制度的思考与建议》一文中也建议，完善博士学位论文匿名评审专家遴选及监督制度。一方面，确保专家是受托评审学位论文研究领域内具有学术造诣的“小学科同行”。另一方面，对评审专家进行监督约束，如建立评审专家的信用档案，定期对所有专家的评审质量进行追踪评价；鼓励评审专家具名评审，国外高等教育学界博士学位论文评审专家的信息多是公开的；对评审专家每年评审学位论文的篇数加以限制。
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